Kerja Sama Operasi (KSO) 2026: Kewajiban NPWP, SPT Tahunan Badan, dan PPN Menurut PMK 79/2024

Selama bertahun-tahun, Kerja Sama Operasi (KSO) atau joint operation hidup di zona abu-abu perpajakan Indonesia. Ia punya NPWP, memungut PPN, dan memotong PPh, tetapi tidak pernah menghitung dan melaporkan PPh Badan atas namanya sendiri. Praktik ini bertahan lama karena tidak ada aturan setingkat Peraturan Menteri Keuangan yang mengaturnya secara utuh.

Kondisi itu berubah dengan terbitnya Peraturan Menteri Keuangan Nomor 79 Tahun 2024 tentang Perlakuan Perpajakan dalam Kerja Sama Operasi. Aturan ini ditetapkan pada 14 Oktober 2024 dan berlaku sejak 18 Oktober 2024. Perubahan paling fundamental: KSO yang memiliki NPWP wajib menyelenggarakan pembukuan dan menyampaikan SPT Tahunan PPh Badan, dimulai dari Tahun Pajak 2025.

Artinya, kewajiban itu sudah benar-benar berjalan di 2026. Bagi kontraktor, pengembang properti, dan konsorsium proyek di Bali yang lazim memakai skema KSO, ini bukan lagi wacana — melainkan kewajiban yang sanksinya nyata.

Apa Itu Kerja Sama Operasi (KSO)?

KSO adalah bentuk kerja sama antara dua pihak atau lebih untuk menjalankan suatu kegiatan usaha bersama, umumnya dalam rangka mengerjakan satu proyek tertentu, tanpa membentuk badan hukum baru. Masing-masing anggota tetap menjadi entitas hukum yang terpisah, tetapi bertindak bersama di bawah satu nama KSO terhadap pemberi kerja.

Skema ini sangat umum ditemui pada:

• Proyek konstruksi berskala besar yang mensyaratkan kualifikasi gabungan (misalnya pembangunan hotel, jalan, atau infrastruktur pariwisata);
• Pengembangan properti antara pemilik lahan dan pengembang;
• Konsorsium pengadaan barang dan jasa pemerintah;
• Kerja sama pengelolaan aset atau fasilitas komersial.

Dalam praktik, dikenal dua model. KSO administratif adalah KSO yang bertindak keluar atas nama KSO — kontrak ditandatangani atas nama KSO, penagihan atas nama KSO, dan pembayaran diterima atas nama KSO. Sedangkan KSO non-administratif hanya merupakan koordinasi internal; masing-masing anggota berkontrak, menagih, dan menerima pembayaran secara terpisah dengan pemberi kerja.

Pembedaan ini penting karena menentukan apakah KSO wajib memiliki NPWP atau tidak.

Kapan KSO Wajib Memiliki NPWP?

PMK 79/2024 menetapkan bahwa KSO wajib mendaftarkan diri untuk memperoleh NPWP apabila perjanjian kerja sama atau pelaksanaan pekerjaannya memenuhi kriteria berikut:

1. Melakukan penyerahan barang dan/atau jasa atas nama KSO;
2. Menerima atau memperoleh penghasilan atas nama KSO; dan/atau
3. Mengeluarkan biaya atau membayar penghasilan kepada pihak lain atas nama KSO.

Jika salah satu kriteria terpenuhi, kewajiban NPWP timbul. Sebaliknya, KSO yang murni bersifat non-administratif — di mana seluruh transaksi eksternal dilakukan atas nama masing-masing anggota — tidak wajib memiliki NPWP tersendiri.

Selanjutnya, KSO yang melakukan penyerahan Barang Kena Pajak dan/atau Jasa Kena Pajak wajib dikukuhkan sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP) apabila peredaran brutonya melampaui batasan pengusaha kecil, atau dapat memilih dikukuhkan secara sukarela. Setelah dikukuhkan, KSO menerbitkan faktur pajak atas namanya sendiri dan menyampaikan SPT Masa PPN.

Perubahan Terbesar: KSO Kini Wajib Lapor SPT Tahunan PPh Badan

Inilah inti dari PMK 79/2024 yang paling banyak mengubah praktik lapangan.

Sebelumnya, mayoritas praktisi memperlakukan KSO sebagai entitas transparan untuk tujuan PPh: seluruh penghasilan dan biaya proyek dialokasikan ke anggota sesuai porsinya, lalu dilaporkan di SPT Tahunan masing-masing anggota. KSO sendiri tidak menyampaikan SPT Tahunan PPh Badan.

PMK 79/2024 menegaskan perlakuan yang berbeda. KSO yang memiliki NPWP wajib:

• Menyelenggarakan pembukuan sesuai standar akuntansi yang berlaku;
• Menyusun laporan keuangan atas nama KSO;
• Menghitung Penghasilan Kena Pajak dan PPh Badan terutang; dan
• Menyampaikan SPT Tahunan PPh Badan atas nama KSO.

Kewajiban penghitungan, penyetoran, dan pelaporan PPh ini berlaku mulai Tahun Pajak 2025. Dengan kata lain, SPT Tahunan PPh Badan pertama atas nama KSO jatuh tempo pada 2026. Bagi KSO yang belum memenuhinya, ini adalah eksposur yang perlu segera ditutup.

Cara Menghitung Penghasilan Kena Pajak KSO

Penghasilan Kena Pajak KSO dihitung dengan mengurangkan penghasilan bruto dengan biaya untuk mendapatkan, menagih, dan memelihara penghasilan. Yang perlu dicermati, biaya yang dapat dikurangkan mencakup dua kelompok:

1. Biaya yang dikeluarkan dan dibebankan langsung oleh KSO — misalnya biaya material, upah pekerja proyek, sewa alat, dan biaya administrasi KSO; dan
2. Biaya yang dikeluarkan sesuai kontribusi anggota — yaitu biaya yang secara nyata dikeluarkan oleh anggota dalam rangka pelaksanaan pekerjaan KSO sesuai porsi kontribusinya.

Konsekuensi praktisnya jelas: KSO memerlukan sistem pembukuan yang tertib dan terpisah dari pembukuan masing-masing anggota. Rekonsiliasi antara catatan KSO dan catatan anggota harus dilakukan secara berkala, bukan menjelang batas waktu pelaporan.

Bagaimana Perlakuan Bagi Anggota KSO?

Setelah KSO membayar PPh Badan atas laba proyek, pertanyaan berikutnya adalah: apakah bagian laba yang diterima anggota dikenai pajak lagi?

PMK 79/2024 menjawabnya dengan tegas. Bagian laba atau sisa hasil usaha dari KSO kepada anggota bukan merupakan objek Pajak Penghasilan, dan bukan objek pemotongan maupun pemungutan PPh. Prinsipnya sejalan dengan Pasal 4 ayat (3) UU PPh yang mengecualikan bagian laba dari bentuk kerja sama yang modalnya tidak terbagi atas saham.

Terdapat pengecualian penting: ketentuan bebas pajak ini tidak berlaku apabila anggota KSO adalah subjek pajak luar negeri, atau Bentuk Usaha Tetap (BUT) yang tidak menanamkan kembali bagian laba tersebut di Indonesia. Bagi struktur proyek di Bali yang melibatkan PT PMA atau mitra asing, klausul ini wajib dianalisis sejak tahap penyusunan perjanjian kerja sama, karena berdampak pada branch profit tax dan ketentuan Perjanjian Penghindaran Pajak Berganda (P3B).

Kewajiban Pemotongan dan Pemungutan Pajak oleh KSO

KSO yang memiliki NPWP menjalankan kewajiban pemotongan dan pemungutan layaknya wajib pajak badan lainnya:

• PPh Pasal 21 atas pembayaran gaji, honorarium, dan imbalan kepada orang pribadi;
• PPh Pasal 23 atas jasa, sewa selain tanah dan bangunan, serta royalti kepada subkontraktor dan vendor;
• PPh Pasal 26 atas pembayaran kepada pihak luar negeri;
• PPh Pasal 4 ayat (2) atas sewa tanah dan bangunan serta jasa konstruksi;
• PPN dan PPnBM apabila telah dikukuhkan sebagai PKP.

Seluruh bukti potong yang diterbitkan menggunakan identitas KSO, dan pelaporannya dilakukan melalui e-Bupot Unifikasi di Coretax DJP.

Kredit Pajak Menjadi Milik KSO, Bukan Anggota

Poin ini kerap menjadi sumber kesalahan. PPh yang telah dipotong atau dipungut pihak lain atas penghasilan KSO — misalnya PPh Pasal 23 yang dipotong pemberi kerja atau PPh Pasal 22 atas pembelian barang — merupakan kredit pajak bagi KSO, bukan kredit pajak bagi anggota.

Jika anggota mengkreditkan bukti potong yang beridentitas KSO di SPT Tahunannya sendiri, kredit tersebut akan ditolak dan menimbulkan kurang bayar. Pastikan pemberi kerja menerbitkan bukti potong dengan NPWP KSO, dan pastikan pula bukti potong tersebut hanya dikreditkan sekali, yaitu di SPT Tahunan KSO.

Pengecualian: PPh Final Pengalihan Hak atas Tanah dan Bangunan

Terdapat satu perlakuan khusus yang perlu diingat oleh pelaku usaha properti. Untuk penghasilan dari pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan, PPh final dibayar oleh masing-masing anggota KSO sesuai porsi penghasilan yang diterima setiap anggota, bukan disetorkan sekaligus atas nama KSO.

Ketentuan ini relevan bagi skema kerja sama pemilik lahan dan pengembang di Bali, yang lazim dituangkan dalam bentuk KSO. Struktur pembayaran PPh final-nya harus dipetakan sejak awal agar tidak terjadi salah setor yang kemudian memerlukan pemindahbukuan.

Langkah Praktis Kepatuhan KSO di 2026

Berikut urutan yang kami sarankan untuk KSO yang sedang berjalan:

1. Tinjau ulang perjanjian KSO. Tentukan apakah KSO Anda administratif atau non-administratif, dan apakah kriteria kewajiban NPWP terpenuhi.
2. Daftarkan NPWP dan/atau PKP bila kriteria terpenuhi namun belum terdaftar. Semakin cepat dilakukan, semakin kecil eksposur sanksi.
3. Bangun pembukuan terpisah untuk KSO. Siapkan bagan akun, kebijakan alokasi biaya anggota, dan prosedur rekonsiliasi bulanan.
4. Susun laporan keuangan KSO untuk Tahun Pajak 2025 dan seterusnya sesuai standar akuntansi yang berlaku.
5. Hitung dan setor PPh Badan KSO, termasuk angsuran PPh Pasal 25 untuk tahun berjalan.
6. Sampaikan SPT Tahunan PPh Badan KSO melalui Coretax, lengkap dengan lampiran rekonsiliasi fiskal.
7. Selaraskan pelaporan anggota. Pastikan anggota tidak mengkreditkan bukti potong KSO dan tidak melaporkan bagian laba KSO sebagai objek pajak (kecuali masuk pengecualian untuk subjek pajak luar negeri atau BUT).

FAQ Seputar Perpajakan Kerja Sama Operasi (KSO)

Apakah semua KSO wajib memiliki NPWP?

Tidak. Kewajiban NPWP timbul apabila KSO melakukan penyerahan barang/jasa atas nama KSO, menerima penghasilan atas nama KSO, dan/atau mengeluarkan biaya atau membayar penghasilan kepada pihak lain atas nama KSO. KSO non-administratif yang seluruh transaksinya dilakukan atas nama masing-masing anggota tidak wajib ber-NPWP.

Sejak kapan KSO wajib menyampaikan SPT Tahunan PPh Badan?

Kewajiban penghitungan, penyetoran, dan pelaporan PPh Badan oleh KSO berlaku mulai Tahun Pajak 2025. SPT Tahunan pertama atas nama KSO karenanya disampaikan pada tahun 2026.

Apakah bagian laba yang diterima anggota dari KSO dikenai pajak lagi?

Tidak. Bagian laba atau sisa hasil usaha dari KSO kepada anggota bukan objek PPh dan bukan objek pemotongan/pemungutan PPh. Pengecualiannya adalah apabila anggota merupakan subjek pajak luar negeri, atau BUT yang tidak menanamkan kembali bagian laba tersebut di Indonesia.

Siapa yang berhak mengkreditkan bukti potong atas penghasilan proyek?

KSO. PPh yang dipotong atau dipungut pihak lain atas penghasilan KSO merupakan kredit pajak bagi KSO, bukan bagi anggota. Anggota yang mengkreditkannya di SPT sendiri berisiko mengalami koreksi.

Bagaimana perlakuan PPh final atas pengalihan hak tanah dan bangunan dalam KSO?

PPh final atas pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan dibayar oleh masing-masing anggota sesuai porsi penghasilan yang diterimanya, bukan atas nama KSO.

Apakah KSO wajib menjadi PKP?

KSO yang melakukan penyerahan BKP/JKP wajib dikukuhkan sebagai PKP apabila peredaran brutonya melampaui batasan pengusaha kecil, atau dapat memilih dikukuhkan secara sukarela. Setelah dikukuhkan, KSO menerbitkan faktur pajak dan melaporkan SPT Masa PPN atas namanya sendiri.

Bagaimana jika KSO sudah selesai proyeknya dan ingin dibubarkan?

KSO yang telah menyelesaikan kewajiban perpajakannya dapat mengajukan penghapusan NPWP dan pencabutan pengukuhan PKP. Pastikan seluruh SPT telah disampaikan, utang pajak dilunasi, dan aset serta kewajiban telah diselesaikan sebelum mengajukan permohonan.

Apakah PMK 79/2024 berlaku juga untuk konsorsium yang hanya berbagi pekerjaan?

Bergantung pada substansinya. Jika masing-masing peserta berkontrak, menagih, dan menerima pembayaran sendiri dari pemberi kerja, konsorsium tersebut umumnya bersifat non-administratif dan tidak memenuhi kriteria kewajiban NPWP KSO. Namun jika terdapat entitas gabungan yang menagih atas nama bersama, ketentuan KSO berlaku.

Kesimpulan

PMK 79/2024 menutup ketidakpastian yang selama ini menyelimuti perpajakan Kerja Sama Operasi. Pesan utamanya sederhana namun berdampak besar: KSO ber-NPWP kini adalah wajib pajak badan yang utuh — menyelenggarakan pembukuan, menghitung PPh Badan, dan menyampaikan SPT Tahunan atas namanya sendiri, terhitung sejak Tahun Pajak 2025.

Sisi baiknya, aturan ini juga memberi kepastian bahwa bagian laba yang diterima anggota dalam negeri tidak dikenai pajak berlapis, dan menegaskan bahwa kredit pajak melekat pada KSO. Yang perlu Anda lakukan adalah memastikan struktur administrasi mengikuti substansi yang diatur: perjanjian yang jelas, pembukuan yang terpisah, bukti potong yang beridentitas benar, dan pelaporan yang konsisten antara KSO dan anggotanya.

Bagi kontraktor dan pengembang di Bali yang tengah menjalankan proyek melalui skema KSO, review kepatuhan sebaiknya dilakukan sekarang — sebelum ketidaksesuaian data antara SPT KSO dan SPT anggota terdeteksi oleh sistem Coretax.

---

Butuh bantuan terkait pajak atau laporan keuangan?

Tim Nyoman Tax siap membantu mulai dari konsultasi, pembukuan, pelaporan pajak, tax planning, hingga pendampingan pemeriksaan pajak.

📍 Bali – Indonesia
💬 Hubungi Nyoman Tax via WhatsApp: klik di sini untuk chat sekarang

{“@context”:”https://schema.org”,”@type”:”FAQPage”,”mainEntity”:[{“@type”:”Question”,”name”:”Apakah semua KSO wajib memiliki NPWP?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”Tidak. Kewajiban NPWP timbul apabila KSO melakukan penyerahan barang/jasa atas nama KSO, menerima penghasilan atas nama KSO, dan/atau mengeluarkan biaya atau membayar penghasilan kepada pihak lain atas nama KSO. KSO non-administratif yang seluruh transaksinya dilakukan atas nama masing-masing anggota tidak wajib ber-NPWP.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Sejak kapan KSO wajib menyampaikan SPT Tahunan PPh Badan?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”Kewajiban penghitungan, penyetoran, dan pelaporan PPh Badan oleh KSO berlaku mulai Tahun Pajak 2025 berdasarkan PMK 79/2024. SPT Tahunan pertama atas nama KSO karenanya disampaikan pada tahun 2026.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Apakah bagian laba yang diterima anggota dari KSO dikenai pajak lagi?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”Tidak. Bagian laba atau sisa hasil usaha dari KSO kepada anggota bukan objek PPh dan bukan objek pemotongan/pemungutan PPh. Pengecualiannya adalah apabila anggota merupakan subjek pajak luar negeri, atau BUT yang tidak menanamkan kembali bagian laba tersebut di Indonesia.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Siapa yang berhak mengkreditkan bukti potong atas penghasilan proyek?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”KSO. PPh yang dipotong atau dipungut pihak lain atas penghasilan KSO merupakan kredit pajak bagi KSO, bukan bagi anggota. Anggota yang mengkreditkannya di SPT sendiri berisiko mengalami koreksi.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Bagaimana perlakuan PPh final atas pengalihan hak tanah dan bangunan dalam KSO?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”PPh final atas pengalihan hak atas tanah dan/atau bangunan dibayar oleh masing-masing anggota sesuai porsi penghasilan yang diterimanya, bukan atas nama KSO.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Apakah KSO wajib menjadi PKP?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”KSO yang melakukan penyerahan BKP/JKP wajib dikukuhkan sebagai PKP apabila peredaran brutonya melampaui batasan pengusaha kecil, atau dapat memilih dikukuhkan secara sukarela. Setelah dikukuhkan, KSO menerbitkan faktur pajak dan melaporkan SPT Masa PPN atas namanya sendiri.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Bagaimana jika KSO sudah selesai proyeknya dan ingin dibubarkan?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”KSO yang telah menyelesaikan kewajiban perpajakannya dapat mengajukan penghapusan NPWP dan pencabutan pengukuhan PKP. Pastikan seluruh SPT telah disampaikan, utang pajak dilunasi, dan aset serta kewajiban telah diselesaikan sebelum mengajukan permohonan.”}},{“@type”:”Question”,”name”:”Apakah PMK 79/2024 berlaku juga untuk konsorsium yang hanya berbagi pekerjaan?”,”acceptedAnswer”:{“@type”:”Answer”,”text”:”Bergantung pada substansinya. Jika masing-masing peserta berkontrak, menagih, dan menerima pembayaran sendiri dari pemberi kerja, konsorsium tersebut umumnya bersifat non-administratif dan tidak memenuhi kriteria kewajiban NPWP KSO. Namun jika terdapat entitas gabungan yang menagih atas nama bersama, ketentuan KSO berlaku.”}}]}